新冠再感染病毒株全基因组测序分析

2019年冠状病毒病(COVID-19)大流行已累计全球确诊超8000万例,死亡人数超过170万

近期,多个国家出现变异新冠病毒。通过对变异病毒的追踪与研究,某些变种提高了病毒的传播率易感率。此外,放松社交隔离政策后,许多地区COVID-19病例再次流行。

新冠肺炎患者康复后免疫力降低,出现一定比例的复阳,COVID-19的关键问题之一是是否发生真正的再次感染。虽然中和性抗体在感染后迅速发展,但近期研究表明抗体滴度早在急性感染后1-2个月就开始下降。

由于病毒在接近RT-PCR检测极限的低水平长期脱落,检测阴性和出院的患者经常出现阳性结果的复发。有病例报告提示可再次感染,但未进行病毒基因组分析。这些报告的病例引起了持续病毒脱落和再次感染之间的争论。

香港大学最新的研究中,对患者两次感染COVID-19期间收集的呼吸道标本进行了全基因组测序,比较基因组分型以区分再次感染与持续性病毒脱离,该团队还结合了该患者的核酸检测结果和血清学结果。

该患者是一名居住在香港的33岁男性,分别于2020年3月26日通过核酸检测确诊为COVID-9阳性患者;8月16日通过核酸筛查为无症状感染者。第二次无症状感染发生在第一次症状发作后142天。在第二次发作期间,有急性感染的证据,包括升高的C反应蛋白和SARS-CoV-2 IgG血清转化。第一次和第二次发作的病毒基因组属于不同的进化枝/谱系(见下图)。

第一次发作的病毒基因组在ORF8的64位含有一个终止密码子,导致58个氨基酸的截短。在第一和第二次发作的病毒之间发现了位于9种不同蛋白质(包括B和T细胞表位的位置)中的另外23个核苷酸和13个氨基酸的差异。与GISAID中的病毒基因组相比,第一个病毒基因组在系统发育上与2020年3月/ 4月收集的毒株密切相关。

再次感染的确认有几个重要意义:

  1. 如果再感染不是罕见的情况,则群体免疫可能无法消除SARS-CoV-2,尽管就此患者而言,随后的感染可能要比初次感染轻。
  2. 其次,就像其他人类冠状病毒一样,COVID-19可能会继续在人群中传播。再感染对于“季节性”冠状病毒229E,OC43,NL63和HKU1是很常见的。在某些情况下,尽管体内存在静态水平的特异性抗体仍然会发生再次感染。
  3. 另外,疫苗可能无法提供针对COVID-19的终生保护,已知有COVID-19病史的人也应考虑接种疫苗。


无论先前患有COVID-19感染的患者还是健康人群都应遵守流行病学控制措施,持续佩戴口罩和保持社交距离,从源头减少病毒感染或再次感染的机会。

 参考文献:

[1] To KK, et al. ClinInfect Dis. 2020 Aug 25:ciaa1275. doi: 10.1093/cid/ciaa1275.

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